Erresistentziako mugimenduen arteko bereizketak (ideologikoak eta pertsonalak) handiak ziren eta Jean Moulin-ek, "Rex" edo "Max" deitua zena, indar anitz ezarri behar izan zuen bere misioa eramateko. Bateratze politikoa lortzea oraino sobera zaila baitzen, Moulin-ek lehenik bateratze militarra lortu zuen.

Armada Sekretua

Moulin-ek De Gaulleri idatzi zuen bezala, 1942ko agorrilaren 8an, "kasik leku guzietan militanteek bateratzea eskatzen dute". Azkenean, bere negoziatzaile kalitateak erabiliz liderrak konbentzitzeko, Moulin-ek bateratze militarraren eraikitzea kausitu zuen. Erresistentziako mugimenduek manamendu bakar baten pean ezarriak izaitea onartu zuten eta Armada Sekretua (AS) urriaren 2an ofizialki sortu zen, Delaistraint jeneralarekin ("Vidal") buruzagi gisa. Armada Sekretuak "hedadura handiko ekintza" bat egin ahal ukan zuen bakarrik, "indar aliatuak frantses lurraldean lehorreratuak" izanen zirela. Gertakari batek zerumuga hori hurbildu zuen. 1942ko azaroan, aliatuak Marokon eta Aljerian lehorreratu ziren. Ipar-Afrika kontrolatzen zuten baina amerikanoek ez zuten batere De Gaulleren bidezkotasuna ezagutzen. Alderantziz, lehenik Darlan amirala (Vichy erregimeneko buruzagietarik izan zena) Afrikaren Frantziako goi-komisario gisa izendatu zuten eta Darlanen heriotzatik landa (abenduaren 24an), Giraud jenerala zuten, 1943ko urtarrilean, "komandante buru zibil eta militar" gisa izendatu. De Gaulle baztertu nahi zuten. Moulin-ek, erresistente gehienen gisan, ezin zuen hori onartu, Giraud-ek Vichyko erregimenarekin ez baitzuen sekula osoki moztu. Alderantziz, 1942ko apirilean, De Gaullek Moulin-i eta erresistentziako mugimendueri balore demokratiko eta errepublikanoak eta libertateak berriz ezartzea eskatu zien, "frantses populuaren gerlako helburuak" zirela proklamatuz. Moulin-en arabera, De Gaullek bakarrik zezakeen Errepublika berriz eraiki eta Frantziako subiranotasuna defendatu. Horretako, eta Giraud baztertzeko, Erresistentzia bateratu behar zen De Gaulleren autoritatearen pean. 1943ko martxoan, Moulin Londresera abiatu zen eta De Gaullerekin elkartu zen. Ez zakiten oraino azken aldia zela.

Erresistentziaren Kontseilu Nazionalaren Presidente

Moulin Frantziara berriz itzuli zen, botere gehiagorekin, ministro tituluarekin, De Gaulleren ordezkari bakarra Frantzia osoan izanez eta etorkizuneko Erresistentziaren Kontseilu Nazionalaren presidente gisa. Baina, Moulin ez zen ongi errezebitua izan. Erresistentziako lider zenbaitek ez zituzten alderdi politikoak eta sindikatuak Erresistentziaren Kontseilu Nazionalean barneratu nahi (gatazka gogorraizan zen Moulin eta Brossollettes-en artean gai hortaz), haien influentzia ahultzen baitzuen, eta mesfidantza handia bazuten De Gaulleri buruz. Halere, azkenean, Moulin-ek haien baimena ardietsi zuen eta, 1943ko maiatzaren 27an, Parisen, Erresistentziaren Kontseilu Nazionalaren lehen bilkura antolatu zen. Erresistentziako mugimenduak, ezker eta zentroko alderdi politikoak (komunistak, sozialistak, erradikalak...) eta bi sindikatu inportantenak (CGT, CFTC) Erresistentziaren Kontseilu Nazionalean barneratuak izan ziren. Parte hartzaile guziek Jean Moulin-en presidengoa eta De Gaulleren autoritatea onartu zuten. "Egun handi hori ospatzeko", Moulin-ek bere idazkari gazte eta leiala, Daniel Cordier, ostatura gonbidatu zuen. Garaipen handia zen Moulin-entzat baina okupazio denboran memento urosak laburrak ziren. Ekainaren 9an, Delestraint jenerala arrastatua izan zen. Kolpe zinez gogorra izan zen Moulin-entzat, ekainaren 15ean, De Gaulleri idatzi zizkion hitzek erakusten zuten bezala: "Gure gerla ere latza da". Jada, martxoaren 3an, Henri Manhès, bere adiskide eta ordezkaria iparraldeko gunean, arrastatua izan zen. Baina segitu behar zen, Delestraint ordezkatu eta armada sekretuaren manamendua berriz antolatu. Horretako, Erresistentziako lider nagusiak ekainaren 21ean, Caluiren, Lyoneko ondoan, elkartu behar izan ziren.